与现行的《南京市轨道交通管理办法》（以下简称《办法》）相比，《南京市轨道交通管理条例》（以下简称《条例》）主要在以下四个方面作了较大的修改：

　　第一、明确了市轨道交通的行政主管部门。《办法》规定市轨道交通行政主管部门负责办法的组织实施，但未具体明确该部门。根据目前及今后相当长的时期内我市轨道交通大规模建设的实际情况，为有利于协调解决各种矛盾和问题，加强轨道交通的建设和管理，促进轨道交通的长远发展，根据南京市政府常务会议研究意见，《条例》确定南京市建设委员会作为轨道交通行政主管部门。

　　第二、解决了轨道交通经营单位行政执法的问题。
　　一是《中华人民共和国行政处罚法》第十七条规定“法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织可以在法定授权范围内实施行政处罚。轨道交通经营单位属于管理公共事务职能的组织，据此授予其有限的行政处罚权，符合法律的规定；
　　二是轨道交通运营线路长、设施多，很多矛盾和问题随时可能发生，需要及时处置。如果按照原先的行政执法分工，众多的部门都到轨道交通建设、管理现场执法，不仅协调难度较大，事实上也难以做到。为提高行政效率、节省行政成本、有效解决存在的问题，授予轨道交通经营单位有限的行政执法权是可行的，也是急需的；
　　三是国家立法和兄弟城市的立法有类似的作法。1990年出台的《中华人民共和国铁路法》第三条第二款规定：“国家铁路运输企业行使法律、行政法规授予的行政管理职能。”上海和广州两个城市的轨道交通地方性法规都对轨道交通经营单位进行了有限授权。
　　因此，《条例》明确对城市轨道交通经营单位授权执法，但对授权的具体范围作了严格限制，仅限于“管理公共事务”——影响轨道交通公共场所和设施的容貌、环境卫生的行为；此外，还规定轨道交通行政主管可以委托轨道交通设施保护机构实施《条例》规定的行政处罚。

　　第三、加强了轨道交通公共安全的保障。
　　一是严格轨道交通的规划编制和用地控制。进一步完善了“两个保护区”的内容，从源头上加强对轨道交通设施的保护。对保护区的范围作了适当调整，明确了保护区边界标志的设定主体，进一步规范了扩大保护区范围时的批准主体和程序，增加规定了规划控制区内相关工程施工方案的论证程序，以及发生危害轨道交通安全情况下的补救措施等；
　　二是将原来仅限于运营过程中应急处置方案扩大到建设环节，增加了轨道交通经营单位应当定期组织对突发事件应急处置方案演练的规定；增加了轨道交通运营发生安全事故，除了采取有效措施外，还应当及时向市人民政府和有关行政主管部门报告，乘客应当听从轨道交通经营单位的现场指挥的规定，以确保现场秩序的稳定；增加了不得擅自操作有警示标志的按钮和开关装置等规定；
　　三是进一步严格了轨道交通工程建设的验收程序，增加了工程建成后要进行初步验收以及试运营程序的规定；
　　四是人性化处理携带折叠自行车乘车问题。能否携带折叠自行车乘车，市民和新闻媒体都给予了较高的关注。有的认为携带折叠自行车乘车会危害客运安全，影响其他乘客的权益；有的认为应该给部分乘客携车乘坐的便利。
　　《条例》一方面把保护轨道交通的运行安全放在首位，以维护大多数乘客的权益，明确禁止携带自行车乘车；另一方面又充分考虑本市轨道交通尚未成环成网、换乘不便的实际，坚持以人为本，在保证大多数乘客安全乘车的同时，尽可能考虑到部分需携车出行乘客的需求，明确规定允许已折叠的折叠自行车进站乘车。

　　第四、进一步规范了运营服务工作。轨道交通是新兴的城市公共交通，事关公众利益，体现政府公共服务职能。为充分保障乘客利益，一是规定轨道交通经营单位应当制定服务规范并向乘客作出服务承诺，保证客运服务质量，保障轨道交通安全、正点地运送乘客。服务承诺应当向社会公布；二是轨道交通经营单位使用轨道交通安全监控设施，应当保护乘客隐私；三是列车运行中，应当在车厢内通过广播、电子显示屏等不间断播报站名；四是规定轨道交通行政主管部门在制定乘客守则时，应当征求各方面的意见，乘客守则应当公布；五是规定轨道交通经营单位应当保持客运电梯、空调等设施正常运转；六是规定轨道交通的票价应当与本市其他公共交通的票价相协调；七是规定轨道交通经营单位、轨道交通行政主管部门两级投诉受理制度，接受乘客对违反运营服务承诺行为的投诉等。