1994年7月28日，国家计划委员会批准南京地铁“预立项”。1999年4月15日，经国务院批准，南京地铁一号线一期工程由国家计委正式立项。

　　2000年12月12日，江苏第一个城市轨道交通项目——南京地铁一号线正式开工。历经4年9个月的建设，2005年9月3日，南京地铁一号线通车典礼在奥体中心站隆重举行。我市成为继北京、上海、天津、广州、深圳之后中国内地第6个拥有地铁的城市。南京地铁一号线全长21.72公里，工程总投资近85亿元，贯穿南京市主城区的中心腹地，形成南北向中轴线的快速轨道交通走廊。沿线设车站16座，其中地上站5座，地下站11座，南起小行，向北经新街口、鼓楼、南京火车站，至终点迈皋桥，把城市商业、金融、文化、综合服务等中心繁华区及对外交通口等客流集散点连接起来；向西延伸至奥体中心，配合了南京市加快建设河西新城区的战略构想。这条城市大动脉的开通，对于缓解南京城市交通压力，构建立体化综合交通运输网，增强城市综合竞争力，促进经济社会发展，产生了重大而积极的影响。2007年，地铁一号线全年运送乘客8015.56万人次，日均21.96万人次。

    2005年12月28日，地铁二号线(试验段)工程开工。2006年11月20日，地铁一号线南延线工程正式启动试验段建设。2007年10月7日，地铁二号线东延线开工。南京城市交通开始了一个新纪元，进入了以地铁为标志的立体轨道交通时代。