据报道，莫拉克台风造成台铁史上最严重的灾情，甚至更甚2001的“纳莉”风灾，此次不仅受损路线范围较大、受创程度更深及旅客受困人数更多等，且路基流失路段目前还无法确定何时可修复。
台铁南回、集集线今天停驶，东部干线台北到台东正常行驶，西部干线基隆到嘉义可营运，但往南到冈山因淹水严重无法行驶，冈山到高雄则开行区间车。台铁解释，因租不到公路客运，因此无接驳服务。台铁因各县市多取消上班上课，昨天上午仍然停驶。高铁昨天也停驶。
昨天中午过后，台铁东、西部干线正常发车，但因南部积水严重，彰化到高雄间改以公路客运接驳，至少十一列次误点，两千五百名旅客受困。南回线南太麻里溪桥桥梁淹没、屏东线林边溪桥路基流失，灾情严重。
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